台江國家公園擁有黑面琵鷺度冬之主要棲息地，為確保並提供黑面琵鷺足夠的食物來源，並瞭解黑面琵鷺在台江國家公園利用的棲地，因此進行的黑面琵鷺保育研究工作，分別為「確保黑面琵鷺食源之生態養殖計畫」及「台江國家公園黑面琵鷺族群生態及棲地經營管理計畫」二項。
為追蹤了解黑面琵鷺北返路徑及棲息分布，本處已自101年起進行黑面琵鷺繫放，並分別掛上衛星無線電與傳統無線電發報器，在101年黑面琵鷺北返前已成功繫放6隻黑面琵鷺。未來將持續追蹤黑面琵鷺的遷徙路線、分布範圍、族群數量，並以能提供黑面琵鷺最佳度冬棲地為目標努力。
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